Les marchés de matières premières agricoles sont soumis à la fluctuation des cours, qui influent sur les choix de production, l’équilibre économique des exploitations agricoles et le revenu paysan. L’écart entre les prix alimentaires et la rémunération des agriculteurs doit être réduit pour envisager une meilleure valorisation de l’agriculture bourguignonne et le maintien des emplois ruraux.
La demande croissante des consommateurs pour des produits de qualité et de proximité est par ailleurs un levier pour développer les nouveaux circuits alimentaires, dits «courts». La Région Bourgogne met donc en œuvre des outils pratiques, comme le site internet www.loc-halles-bourgogne.fr, pour faciliter la relation entre acheteurs et producteurs, et accompagner les nouveaux modes de production, de transformation et de distribution. La Région encourage la vente directe et subventionne les «certifications en agriculture biologique».
La promotion des produits et du savoir-faire des entreprises agroalimentaires participe aussi à l’affirmation du patrimoine gastronomique régional.

L’agriculture est confrontée à de nouvelles préoccupations : changement climatique, dégradation des sols, problèmes sanitaires, préservation de la qualité de l’eau et de l’air, protection de la biodiversité, maintien du potentiel de production pour nourrir une population grandissante...
L’innovation est un outil-clef pour apporter des solutions durables, accompagner les mutations actuelles de l’agriculture et guider les agriculteurs vers la mise en œuvre d’autres pratiques de culture.
La mise en place de programmes de recherche-expérimentation adaptés au contexte régional, sur des thématiques comme l’agro-écologie, la réduction de l’utilisation de produits phytosanitaires, l’autonomie alimentaire des élevages ou les économies d’énergie, sont essentiels. La Région finance par exemple l’agro-foresterie, un système innovant qui combine deux productions sur une même parcelle (bois et autre)...
Les travaux de recherche sont accompagnés d’un volet «conseils» pour faciliter le changement de pratiques dans plusieurs domaines (sanitaire, énergie, conversion à l’AB, agro-équipement, viticulture durable...), complétés par une modernisation des équipements favorisant des pratiques agricoles durables (outils de désherbage mécanique et thermique, équipements pour la préservation du bocage, aires de lavage en viticulture, investissements spécifiques à l’AB...).

Le renouvellement des générations d’agriculteurs, notamment pour le maintien de l’emploi en milieu rural, est un enjeu économique, social et territorial fort pour la Bourgogne. Avec la moitié d’exploitants âgés de 50 ans, les cessations d’activité vont s’intensifier dans les années à venir et menacer, de fait, le potentiel agricole bourguignon. Le développement de nouvelles formes d’installation «hors cadre familial», est une opportunité pour y répondre. La Région Bourgogne la soutient activement...
Enfin, l’amélioration des conditions de travail des agriculteurs passe par une facilité d’accès aux services de remplacement et par la modernisation des outils de production, notamment les bâtiments d’élevage. Le conseil régional de Bourgogne cofinance ainsi les constructions en bois dans le cadre, par exemple, des PMBE (plan de modernisation des bâtiments d’élevage).